Die drei Farben blau, grün und hellgrün sind die bestimmenden Farben des neuen Logos und stehen zum einen für unterschiedliche Bereiche der Natur und symbolisieren zum anderen die unterschiedlichen Aufgabenfelder und Akteursgruppen des NMZB.

Das NMZB entwickelt zusammen mit der Monitoringgemeinschaft das bundesweite Biodiversitätsmonitoring weiter. Dabei unterliegt sowohl der Zustand der Biodiversität als auch unsere Kenntnisse darüber laufenden Veränderungen. Diese Dynamiken spiegeln sich ebenso in den schwungvollen Formen des Logos wieder. Des Weiteren erinnert die zarte Linienführung des abstrahierten N an das fragile Zusammenspiel von Prozessen in der Natur und damit der Artenvielfalt selbst.

Das NMZB-Logo hat das Grün und die Linienführung vom Logos des Bundesamtes für Naturschutz (BfN) aufgegriffen, um die enge Verbindung zwischen NMZB und BfN zu zeigen. Die Zentrale des Monitoringzentrums ist am Standort Leipzig des BfN angesiedelt.