Das NMZB ist selbst keine Forschungseinrichtung bzw. betreibt keine eigene Grundlagenforschung. Eine wichtige Aufgabe des Monitoringzentrums ist jedoch die Entwicklung eines Gesamtkonzepts für ein bundesweites Biodiversitätsmonitoring. Zudem unterstützt es insbesondere den Wissens- und Datentransfer. So gehen beispielsweise aktuelle Forschungserkenntnisse in die Arbeiten des Monitoringzentrums ein. Die Wissenschaft wiederum kann die durch das Biodiversitätsmonitoring gewonnenen Daten für ihre Forschung nutzen. Das Monitoringzentrum unterstützt auch bei der Weiter- und Neuentwicklung der Monitoringmethoden, indem es darauf achtet, dass die Vergleichbarkeit bestehender Langzeit-Datenreihen sichergestellt ist. Eine Übersicht über die Forschungsinitiativen anderer Institutionen und Träger befindet sich auf der Webseite Steckbriefe.