Das Monitoring rastender Wasservogel setzt sich aus drei Basismodulen und verschiedenen Ergänzungsmodulen zusammen, die alle der zuverlässigen und standardisierten Erfassung von Rastbeständen dienen. Basismodule sind:

Wasservogelzählung

Die Erfassungen im Rahmen der Wasservogelzählungen finden in festgelegten Zählgebieten statt. Die Zählungen finden an bis zu zwölf Terminen jeweils zur Monatsmitte statt, mit einem Schwerpunkt zwischen September und April. Ein besonders bedeutender Zähltermin ist die internationale Mittwinterzählung im Januar.

Rastvogelerfassungen im Rahmen des Trilateralen Monitoring- und Bewertungsprogramms des Wattenmeeres (TMAP)

Das trilaterale Monitoring- und Bewertungs-Programm (Trilateral Monitoring and Assessment Programme, kurz TMAP), ist das gemeinsame Monitoringprogramm der Wattenmeerstaaten. In diesem Modul werden im Wattenmeer rastende Wasservögel erfasst, die Zählungen sind von den Niederlanden über Deutschland bis nach Dänemark koordiniert. Die Zählungen finden tagsüber und um die Hochwasserzeit statt, wenn sich die Vögel im küstennahen Bereich konzentrieren. Das Gemeinsame Wattenmeersekretariat ist für die Durchführung des TMAP im Alltag und die Koordination der trilateralen Gruppen zuständig.

Seevogelmonitoring

Das Seevogelmonitoring dient dazu, Wasservögel in küstenfernen Gebieten zu erfassen. Die Erhebungen werden sowohl von Schiffen als auch von Flugzeugen aus überwiegend durch hauptamtliche Erfasser durchgeführt. Dieses Modul ist zudem Teil des marinen Monitorings.