In Artikel 11 der FFH Richtlinie (92/43/EWG) ist die Überwachung des Erhaltungszustandes der Lebensraumtypen (LRT) des Anhang I und Arten (Anhänge II, IV und V) von europäischem Interesse vorgesehen. Für diese FFH-Schutzgüter wurde zwischen Bund und Ländern ein bundesweit einheitliches Vorgehen für die Erfassung und Bewertung abgestimmt. Die Bundesländer sind für die Umsetzung des Monitorings zuständig und im Bereich der Ausschließlichen Wirtschaftszone Deutschlands (AWZ) ist das Bundesamt für Naturschutz (BfN) verantwortlich (Paragraph6 Absatz 5 Bundesnaturschutzgesetz). Die Qualität einzelner Vorkommen wird regelmäßig in einer repräsentativen Stichprobe im Rahmen des bundesweiten FFH-Monitorings erhoben. Häufigere Lebensraumtypen und Arten werden in mindestens 63 Stichproben je biogeografischer Region untersucht, während bei seltenen Arten und Lebensraumtypen alle bekannten Vorkommen erfasst werden (sogenannter Totalzensus). Der auf die lokalen Vorkommen bezogene Erhaltungsgrad wird auf festen Probeflächen anhand bundesweit einheitlicher Bewertungsschemata bewertet.

Für Arten werden Daten zu folgenden Kriterien erhoben:

• Zustand der Population
• Habitatqualität
• Beeinträchtigungen

Die Anhang V-Arten werden derzeit nicht in das bundesweite Monitoring einbezogen.

Für die Lebensraumtypen werden Daten zu folgenden Kriterien erhoben:

• Vollständigkeit der lebensraumtypischen Habitatstrukturen
• Vollständigkeit des lebensraumtypischen Arteninventars
• Beeinträchtigungen

Empfehlungen zur Erfassungsmethodik sind in den sogenannten Bewertungsschemata für jede Art und jeden Lebensraumtyp festgehalten.