Die WZE erfasst jährlich die Vitalität der wichtigsten Baumarten. Dafür werden an bundesweit 420 Flächen jährlich rund 10.000 Bäume visuell begutachtet und anhand einer Vielzahl von Parametern, wie Kronenverlichtung, Fruktifikation und Schadbefall bewertet. Die Erhebungen werden von den Forstlichen Forschungseinrichtungen der Bundesländer durchgeführt, die auch für die Auswertung und Berichterstattung der Länderdaten zuständig sind. Die bundesweite Koordination sowie die Aufbereitung, Auswertung und Berichtserstellung erfolgt über das Thünen-Institut.