Um die Ziele des bundesweiten Bodenbiodiversitätsmonitorings zu erreichen, ist es notwendig, die Vielfalt des Lebens im Boden in Deutschland erstmals umfassend zu erfassen. Diese Basiserhebung (Basiserfassung) liefert wertvolle Erkenntnisse über die praktischen Anforderungen und die Bedeutung der ausgewählten Organismengruppen in ihren Lebensräumen. Die Informationen, die erhoben werden, sind entscheidend für die Etablierung eines langfristigen Trendmonitorings. Dabei werden bestehende Monitoringaktivitäten integriert, um von bereits gewonnenen Erfahrungen zu profitieren und bestehende Datenreihen fortzuführen. Die Basiserhebung ist eine Maßnahme im Aktionsprogramm „Natürlicher Klimaschutz“ der Bundesregierung.

Für die Basiserfassung werden Bodenorganismen und -gruppen ausgewählt, die für verschiedene Lebensräume charakteristisch sind. Das Fachgremium des Monitoringzentrums zum "Monitoring der Bodenbiodiversität und ihrer Funktionen" empfiehlt insbesondere Bodenorganismengruppen, die einen hohen bioindikatorischen Wert haben. Das sind Organismengruppen, die besonders gut geeignet sind, den Zustand der Biodiversität und der Gesundheit des Bodens zu bewerten. Das ist möglich, weil sie zum Beispiel sensibel auf Veränderungen in ihrer Umgebung reagieren und ihre Anwesenheit, Abwesenheit oder ihr Zustand Rückschlüsse auf die Gesundheit des Bodens, die Biodiversität oder andere Umweltbedingungen geben kann. Um die Vielfalt der Bodenbiodiversität abzubilden, wurden Organismengruppen unterschiedlicher Größe, Lebensweise und Ernährungsstufen berücksichtigt. 

Die Auswahl basiert auf den Ergebnissen eines Rechercheprojekts, das sich mit der Erfassung von Bodenorganismen und deren Funktionen in einem bundesweiten Biodiversitätsmonitoring befasst hat. Dabei wurde untersucht, wie aussagekräftig und praktikabel die Erfassung verschiedener Bodenorganismen und ihrer Funktionen ist. 

Ein gut durchdachter Plan für die Probenahme ist der Schlüssel für ein erfolgreiches Bodenbiodiversitätsmonitoring. Ein solches Stichprobendesign legt fest, wie und wo Proben genommen werden, damit die Ergebnisse aussagekräftig sind. Die Probenahmestellen müssen die Vielfalt der Böden und Lebensräume in Deutschland gut abbilden, damit die gewonnenen Daten repräsentativ sind. Ziel ist es, Referenzwerte für verschiedene Lebensräume abzuleiten, die als Maßstab für einen guten ökologischen Zustand dienen können.